Het gebouw
Onze Lieve Vrouwekapel
Bouw 1395-1399, 1417, 1450
De basiliek werd gebouwd in drie bouwfasen: het koor kwam gereed in 1399, de transepten en een deel van het schip in 1417, en rest van het schip in 1450.
De toren werd aangebouwd in 1463 tot 1484. In 1538-1540 werd ze verhoogd en er kwam een bekroning met een uivormige kap in 1727. De torenbrand van 1815 verwoestte de kap en een deel van de toren. Deze werd uiteindelijk in 1828 weer opgebouwd en nu voorzien van de koperen koepel die zij thans heeft. Architect Klinkert tekende voor deze kapconstructie. Met deze koepel wordt de toren in de volksmond ’de Peperbus’ genoemd. Voor 1828 werd de toren de Onze Lieve Vrouwetoren genoemd.
1591
In 1591 werd de laat gotische kerk gesloten als gevolg van de Reformatie. De kerk werd voor andere doeleinden gebruikt. Zo was ze opvang van drenkelingen als gevolg van overstromingen van de IJssel en bouwden de orgelmakers Schnitger er het orgel voor de Grote Kerk. Ook werden er koetsen en karossen gestald, was het een manege van pikeur Schutte en werd zij gebruikt als circustent.
1809
Aan deze trieste tijd kwam een eind met een bezoek van koning Lodewijk Napoleon in 1809. Hij inspecteerde de verdedigingswerken en nam een kijkje in de stad. Daar zag hij de vier schuilkerken, waarvan twee een zeer vervallen staat hadden. Deze werden op zijn last direct gesloten wegens bouwvalligheid. Door de vrijheid van godsdienst mochten de katholieken hun geloof weer in het openbaar praktiseren. De Onze Lieve Vrouwekerk, ook Kruiskerk genoemd, werd aan de katholieken toegewezen.
Herstel
In 1811 was het geheel in verval geraakte gebouw weer enigszins te gebruiken voor de eredienst. Daarna werd er verder gewerkt aan herstel en werd zij ingericht met een neoclassicistisch interieur. In 1853 werd de bisschoppelijke hiërarchie in ere hersteld; in Zwolle gebeurde dit eerst in 1855 op aandringen van de bisschop van Utrecht, Joannes Zwijssen. De Onze Lieve Vrouwekerk werd in dat jaar parochiekerk. De Steegjeskerk, werd gesloten en de Statie ‘Onder de Bogen’, sinds 1848 gevestigd in de Waterstaatskerk in de Nieuwstraat, werd de tweede parochiekerk en kreeg de naam ‘Michaëlkerk’.
In 1892 werd een neogotische kerk gebouwd in de Roggenstraat. Deze werd in 1963 gesloopt en vervangen door een nieuw gebouw aan de Bisschop Willebrandlaan. In 2005 werd deze kerk aan de eredienst onttrokken.
Bernulphusgilde
Het neogotische interieur van de basiliek werd aangebracht in de periode 1870 tot 1900. Het Bernulphus gilde ofwel de ’Utrechtse school’ onder leiding van beeldhouwer Friedrich Wilhelm Mengelberg, die samenwerkte met edelsmid Brom en glazenier Geuer, tekenden voor de nieuwe inrichting. De ramen van Geuer werden grotendeels vervangen door ramen uit het atelier Hertel en Lersch in 1905.Orgel
Orgelbouwer Maarschalkerweerd, ook lid van het St. Bernulphusgilde, plaatste in 1896 een nieuw instrument in de bestaande orgelkast die in 1813 uit Münster was gekocht en waarvan het binnenwerk van het orgel was gemaakt door Nicolaus Brunswick in 1697. Het orgel bezit drie klavieren, vrij pedaal en 38 sprekende stemmen met in totaal 2222 pijpen.